L’interno presenta altri tesori artistici. Nei secoli, infatti, la chiesa ebbe la caratteristica di accogliere arredi e ornamenti da altre chiese sconsacrate, ad esempio da San Pier Schieraggio, abbattuta per fare spazio agli Uffizi, e da Santa Cecilia, oppure da altre ancora che dovevano essere ristrutturate. Tra queste eredità c'e' la sontuosa scalinata con balaustra, capolavoro di Bernardo Buontalenti (1574).