Nel 1848 durante le Cinque Giornate di Milano, con la città assediata dalle truppe austriache, era impossibile raggiungere i cimiteri. Trovarono così posto qui i 141 caduti durante i combattimenti. I loro nomi sono ancora oggi visibili sulle pareti. La Cripta divenne un luogo di celebrazione dei patrioti milanesi e nel 1860 fu trasformato in mausoleo cittadino.